NGS自動化建庫的流程

NGS自動化建庫是指利用自動化技術和設備，對DNA或RNA樣本進行高通量、高效率、高精度的文庫建構過程。這個過程涵蓋了從樣本處理、DNA/RNA提取、文庫建構到品管等多個環節，旨在減少人工操作，並提高實驗效率和準確性。

一、樣本準備與DNA/RNA萃取

1、樣本收集：收集目標樣本，如細胞、組織、血液等，確保樣本的完整性和代表性。

2.樣本處理：依樣本類型選擇適當的處理方法，如細胞裂解、組織研磨等，以釋放DNA或RNA。

3.DNA/RNA萃取：採用適當的萃取方法（如酚氯仿法、磁珠法、柱法等）從樣本中純化出高品質的DNA或RNA。

二、文庫構建

文庫建置是NGS自動化建庫的核心步驟，通常包括以下子步驟：

1、DNA/RNA片段化：

1>將DNA或RNA分子切割成較小的片段，以便進行後續的定序反應。片段化可以透過物理方法（如超音波破碎）或化學方法來實現。

2>片段大小通常在100-1000鹼基對之間，取決於定序平台和實驗需求。

2、末端修復和加A尾：

1>對片段化的DNA或RNA進行末端修復，以去除末端損傷並添加磷酸基團和3’末端A尾。這些修復步驟有助於後續的連接適配體和文庫擴增。

3、連接適配體：

1>將經過修復的DNA或RNA片段連接到特定的適配體（也稱為接頭）。適配體是含有特定序列的DNA或RNA片段，用於後續的PCR擴增和定序反應。

2>在自動化建庫過程中，此步驟通常透過自動化的移液和連接反應來實現。

4、文庫擴增：

1>透過PCR擴增將連接了適配體的DNA或RNA片段擴增至足夠數量，以形成可用於定序的資料庫。

2>擴增過程中使用具有適配體序列的引子進行特異性擴增。

三、文庫品控

文庫品管是確保文庫品質和定序結果可靠性的重要步驟。常用的文庫品管方法包括：

1.定量PCR：用於檢測文庫的濃度及擴增效率。

2.聚丙烯醯胺凝膠電泳：用於評估文庫片段的大小分佈。

3.質譜分析：用於進一步驗證文庫的品質和純度。

四、功能：

1.自動化操作：透過自動化設備實現樣本處理、文庫建置等步驟的自動化，減少人工幹預。

2.提高效率：自動化流程縮短了實驗週期，提高了實驗效率。

3.降低誤差：減少人為操作帶來的誤差，提高實驗結果的準確度與穩定性。