利用Swift2S™Turbo DNA文庫試劑盒對子OT-2快速製備高品質的下一代定序文庫

摘要Swift2S™Turbo DNA文庫試劑盒與OT-2一起自動化，用於快速和穩健的製備用於下一代定序的高品質文庫。 .用100和1 ng輸入的庫由不同氣相色譜含量的細菌混合物製備，包括：金黃色葡萄球菌、大腸桿菌和鏈黴菌阿維菌。 .手工製備的庫和openteronOT-2的性能相當在規模和產量方面。類似的定序也觀察了複雜度、覆蓋率和相對表示等指標。

介紹下一代定序（NGS）文庫的製備需要多個步驟來進行片段化、拋光、腺苷化，連接和PCR，需要2到5個主混合添加，孵育，和SPRI清理。實驗室自動化可以減少技術的實際操作時間，同時由於人為錯誤和污染而增加實驗的可靠性。 opt-2是一個負擔得起的液體處理平台，從5000美元，使複雜圖書館準備的自動化。自動化的實現和實現使用Swift2S™Turbo DNA文庫試劑盒(1)的強大流體確保了下一代定序的快速和一致的性能。兩到三個小時的渦輪增壓機協議允許不同的輸入量的DNA (1到. 250 ng)，捲和樣本類型已演示。這裡有一個模擬細菌群落，Swift2S™帶有OT-2的渦輪DNA文庫試劑盒是一種快速且理想的文庫製備解決方案，可用於全基因組定序、靶向外顯子組、基因分型和宏基因組學等應用。

方法和材料用三種GC含量不同的細菌，即金黃色葡萄球菌（ATCC 25923D-5）、大腸桿菌（ATCC 700926）的基因組DNA製備了文庫和鏈黴菌（ATCC 31267），以相同摩爾濃度的DNA混合。文庫由經驗豐富的Swift開發人員手工製備，有6或8個DNA技術複製，每個文庫準備輸入100 ng和1 ng。 8個技術複製。這兩種輸入也在視中心上準備了OT-2.在OT-2上製備的100 ng輸入樣品中使用的碎片主混合包括RegentDE以減緩破碎反應(2)。每次反應加入5 ul試劑DE，不加入試劑K2，片段時間增加到15min，共製備350bp. 插入大小。採用PCR方法將各項指標與100 ng和1 ng分別進行5和11個循環8. 隨機選擇文庫進行定序，包括從OT-2上的輸入和用手地所有測序均在Illumina MiSeq標準V2 PEx150上進行。對轉子溫度和磁性模組用於主動冷卻酶和磁珠清理協議上的OT-2。對於可比性分析，讀取被標準化為每個樣本的190萬次讀取。

Swift2S™Turbo DNA文庫試劑盒（左圖）。所有這些實驗都使用了酶主動冷卻所需的視子溫度模組和珠狀清理所需的磁性模組。熱循環器模組可以添加到OT-2甲板上，以實現完全自動化。 Swift2S™Turbo協議包括輸入DNA的酶剪切、適配器連接、索引或可選的PCR。在結紮和PCR步驟後使用SPRI清理。

結果隨著自動化的時間節省，Swift2S™在OT-2上準備的Turbo庫是穩健的和可與手動生成的庫比較。為了說明Swift2S™Turbo的無偏性能OT-2，文庫的輸入量為100 ng和使用三種GC含量（33 -71%）的菌株的細菌混合物。圖書館是由雙方準備的一個經驗豐富的Swift2S™渦輪增壓器開發者和在Opentrons OT-2.試劑DE，用於減緩酶促反應在房間中持續較長時間時的碎片化在自動液體處理過程中的溫度(2)，為已加入到碎片化主混合程序中。因此，與文庫大小相當，產量為85 %與手動準備的庫相比，OT-2版本(圖2).在OT-2上製備的8個技術重複中，文庫產量的CV為14%。

定序指標也具有可比性手動進行準備，並在OT-2上進行準備。例如，9%3的reads映射到參考基因組在細菌混合物中，顯示在OT-2上製備的庫沒有污染或減少不忠（圖3）。重複項的可比百分比在人工和自動製備中觀察到的結果表明，DNA在整個SPRI過程中都被保留了下來在OT-2上執行的清理操作（圖3）。自動化和手動庫準備人員之間的一致覆蓋範圍和相對豐度進一步顯示了具有可比性的性能和序列表示（圖4）。

圖3.手動編制的可比較的排序指標庫。手工準備的庫用黃色表示，在opentronOT-2上準備的庫以藍色表示。左邊和右邊的面板顯示了與參考基因組對齊的類似的讀取量和重複的百分比。這些指標顯示沒有污染或輸入DNA的流失會影響文庫的複雜性。

圖4。手工製備的庫和opentronOT-2上的庫的相對豐度和覆蓋率相當。文庫被歸一化，以具有相同數量的定序reads（190萬reads）進行比較分析。

結論自動的庫準備降低了潛力對於人為錯誤，減少了動手時間和試劑，而不犧牲圖書館準備的品質。這個在OT-2平台上自動化的Swift2S™Turbo協議使8個或更多庫的健壯準備工作得以實現2~3小時，在技術重複之間的產量變化最小。 .試劑DE (2)用於在室溫下進行自動設置，以減緩破碎速度。 .使用Opentrons OT-2製備的文庫具有可比性和可重複性（CV=14%）。 .對手工製備的文庫和在OT- 2上製備的文庫也觀察到類似的測序指標，具有相當的複雜性、偏倚和覆蓋率。